故事是由EVA故事展開(kāi)的前一年開(kāi)始的，進(jìn)入NERV機(jī)關(guān)的玩家你，原本是一名放棄教育生涯的教師。進(jìn)入NERV之后，接受的任務(wù)就是對(duì)綾波麗進(jìn)行培養(yǎng)，同時(shí)參與到對(duì)使徒侵襲工作的反抗中來(lái)。但是，隨著劇情的發(fā)生，你逐漸發(fā)現(xiàn)這一切并不是那么簡(jiǎn)單，而你和綾波的關(guān)系倒是越走越近……游戲一共經(jīng)歷一年的時(shí)間，直到補(bǔ)完發(fā)生，結(jié)局出現(xiàn)為止。中間的大大小小事件盡量保持了原作風(fēng)格，以章節(jié)來(lái)劃分段落，同時(shí)穿插著綾波和玩家之間的各式各樣的事件。與其說(shuō)玩家，不如說(shuō)綾波是真正的主角，許多事件都以綾波的角度去描繪。換了一個(gè)角度后，不但增加了新鮮感，并且同樣的情節(jié)也讓人有了更深一個(gè)層次的認(rèn)識(shí)。