主角蘇醒時，發(fā)現(xiàn)Genevieve Aristide指揮的幾個醫(yī)生正對他進行手術(shù)。當(dāng)他完全醒來后，他發(fā)現(xiàn)他在一個地下醫(yī)院，而ATC董事會的雇傭兵正在準備炸毀醫(yī)院，以毀尸滅跡。在逃往地面的過程中，主角遭到Alma的襲擊，而一個自稱Snake Fist的人，對他提供幫助，并告訴他因為手術(shù)，主角的精神力量大大增加，變得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的隊伍，前往Snake Fist藏身的Wade小學(xué)。在小學(xué)中，主角發(fā)現(xiàn)這里是ATC “Paragon“計劃的實驗場所。同時主角還得知所謂的”Harbinger“計劃就是制造類似一代中Paxton Fettel的精神力量指揮官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存隊友Keegan是最有希望成功的。在地下實驗室，主角找到了實際上是ATC也就人員的Snake Fist。被克隆殺手殺死之前Snake Fist告訴主角，要戰(zhàn)勝Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加強器，加強主角的精神力量，戰(zhàn)勝Alma。 
     在趕往Still Island途中，Keegan獨自一人離開了，主角追了上去。但是因為克隆士兵的攻擊，而一直沒追到。最后主角與隊友會合后，與女上尉一起前往精神力量加強器。當(dāng)上尉要開啟加強器時，Genevieve Aristide出現(xiàn)，打死了上尉i，阻止加強器的運行。她告訴主角因為Origin計劃的敗露，她對董事會已經(jīng)失去了利用價值。為了擁有與董事會談判的砝碼，她要囚禁Alma。以Alma作為談判籌碼。而方法就是將Alma關(guān)在這個加強器中，游戲開始時手術(shù)就是加強主角的精神力量，而Alma對精神力量極其敏感，這樣主角就成為了誘餌，將Alma引到Still Island。 這時Alma突然出現(xiàn)，Genevieve Aristide將Alma和主角一起關(guān)在了加強器里。 
     主角發(fā)現(xiàn)自己處在一個幻境之中，當(dāng)他要開啟加強器時，Keegan突然出現(xiàn)攻擊主角，同時叫嚷著為什么不是我？？ 最后主角擊敗了Keegan并啟動了加強器。這時主角發(fā)現(xiàn)自己退出了幻境并被封在加強器內(nèi)。突然加強器打開，主角發(fā)現(xiàn)Alam站在他面前，身后是一片廢墟。而且Alma懷孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角聽到了一個女聲叫喚”Mummy“（結(jié)局很OX...很和諧...是主角把Alma的肚子搞大了...很離譜的結(jié)局- =打半天等于白打）